Organisasi Perangkat Daerah berdasarkan Perda No. 8 Tahun 2016
1. Sekretariat Daerah
2. Sekretariat DPRD
3. Inspektorat
4. Dinas Pendidikan
5. Dinas Kesehatan
6. Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang
7. Dinas Perumahan, Kawasan Permukiman danPertanahan
8. Satuan Pamong Praja dan Pemadam Kebakaran
9. Dinas Sosial, Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak
10. Dinas Transmigrasi, Tenaga Kerja dan Perindustrian
11. Dinas Kelautan, Perikanan dan Pangan
12. Dinas Lingkungan Hidup
13. Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil
14. Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa
15. Dinas Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana
16. Dinas Perhubungan
17. Dinas Komunikasi dan Informatika
18. Dinas Perdagangan, Koperasi, Usaha Kecil dan Menengah
19. Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu
20. Dinas Pariwisata, Kebudayaan, Kepemudaan dan Olah Raga
21. Dinas Perpustakaan dan Kearsipan
22. Dinas Pertanian
23. Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia
24. Badan Pengelolaan Keuangan Daerah
25. Badan Perencanaan, Penelitian dan Pengembangan Daerah
26. Badan Penanggulangan Bencana Daerah
27. Kantor Kesatuan Bangsa dan Politik
28. RSUD I La Galigo
29. Kecamatan Burau
30. Kecamatan Wotu
31. Kecamatan Mangkutana
32. Kecamatan Tomoni
33. Kecamatan Tomoni Timur
34. Kecamatan Kalaena
35. Kecamatan Angkona
36. Kecamatan Malili
37. Kecamatan Wasuponda
38. Kecamatan Towuti
39. Kecamatan Nuha